Bağırsak mikrobiyomunun insan sağlığı için önemi, bileşimini ve çeşitliliğini şekillendiren faktörlerin araştırılmasına güçlü bir ilgi uyandırmıştır.

Bağırsak mikrobiyomu çalışmaları, çoğunlukla bakterilere odaklanmışsa da helmintlerin ve protozoonların bağırsaktaki bakteriler ile önemli ölçüde etkileşime girdiğini gösteren kanıtlar giderek artmaktadır. Helmintler gibi protozoonların da insanlarla uzun evrimsel geçmişleri göz önüne alındığında, bağırsak mikrobiyom çalışmalarında dikkate alınmaları ve sanayileşmiş ülkelerde yaşayan popülasyonlarda parazit yükünün azalmasının etkileri üzerine odaklanmak gerekmektedir.

Sanayileşmiş toplumlarda, sanayileşmemiş toplumlara göre bağırsakta bakteriyel çeşitliliğinin azalması; çoğunlukla lifli besin alımının azalması, besin sterilizasyonu, antibiyotik kullanımıyla açıklanmaktadır. Bununla birlikte bağırsak parazitlerinin görülme sıklığının azalmasının bakteriyel çeşitliliğin kaybından kısmen sorumlu olabileceği ileri sürülmektedir.  

Dünyada su ve besin kaynaklı paraziter etkenler azımsanmayacak düzeyde hastalık ve ölüme neden olmaya devam etmektedir. Bununla birlikte parazitlerin hastalık oluşturucu etkileri üzerinde daha fazla durulurken, bağırsağın bu eski sakinleri genellikle konakçıya zarar vermeden ve hatta yararlar sağlayarak bu birlikteliği sürdürmektedirler.

Helmint enfeksiyonları, milyonlarca yıllık birlikte yaşam nedeniyle bir arada evrilme ve insanların bu parazitlere toleranslarının gelişmesine bağlı olarak asemptomatik/sessiz seyredebilmektedir. Bazı protozoonların sağlıklı insanlarda daha fazla görülmesi ve bakterilerden yüksek düzeyde gen kazanımlarının olması atasal bağırsak topluluğumuzun bir parçası olduğunu göstermektedir. Yine bazı protozoonların helmintlerde olduğu gibi bağırsakta zengin bakteri çeşitliliğiyle birlikte olması insan sağlığı üzerine yararlı etkilerinin olabileceğini düşündürmektedir. Helmintlerin mukozal immün yanıtın düzenlenmesinde etkili olarak bağırsakta inflamasyonu sınırlandırdığı böylelikle doku hasarını önlediğini destekleyen bulgular mevcuttur. Bu etkiyi bağırsak kanalında ve mukozasında yer alan bakterilerle etkileşerek, mukozal savunma sisteminde çeşitli düzenlemelerle gerçekleştirebilmektedir.

Bağırsak mikrobiyomundaki değişiklikler, “Hijyen/Eski Dostlar Hipotezi”nin bir uzantısı olarak alerjik rinit, astım, ekzema gibi hastalıkların sanayileşmiş toplumlarda görülme sıklığının artmasında etkili mekanizmalardan biri olabilir. Parazitlerle milyonlarca yıllık birliktelikleri nedeniyle, onların ev sahiplerine bazı yararlı etkiler sağlayıp sağlamadıklarının belirlenmesi için parazitlerin sık görüldüğü sanayileşmemiş toplumlarda yapılacak mikrobiyom analizlerine çok ihtiyaç bulunmaktadır. Ancak bu şekilde insan bağırsak ekosisteminde meydana gelen karmaşık etkileşimleri ve etkileri ortaya çıkarılabilir.